相比于2012年度组织工作要求，2013年度重大仪器专项工作要求凸显很多亮点和变化：
1、支持方向有了变化，并明确指出不予支持的仪器种类。
工作要求中明确指出重点关注“科学仪器设备关键部件、科学仪器设备样品前处理设备、高端电子显微镜、近红外分析仪器、电子测量仪器等重大科学仪器设备”，其中科学仪器设备关键部件、科学仪器设备样品前处理设备、近红外分析仪器是2013年度新增加的支持方向。此外，工作要求还指出“一般的仪器原理和方法研究，商业化前景不明确的仪器开发工作，不属于仪器专项范畴”，具体到仪器种类，明确表明“临床医疗仪器、生产设备、机械装备以及平台建设等，不属于仪器专项的支持方向。”
2、明确支持企业为项目承担主体，提高对企业方的要求。
2013年度工作要求明确“支持有条件的企业牵头承担”。但对于企业牵头或企业承担产业化工作的企业又有严格要求，如企业需在中国大陆境内注册、企业是高新技术企业或达同等条件、项目要与企业重点发展方向相符等。
此外，工作要求还指出“牵头承担项目的，企业投入的自筹研发经费应不低于国拨经费;非牵头承担项目，但承担产业化工作的，企业投入的自筹研发经费应不低于所获得的国拨经费。企业投入的自筹研发经费应用于项目研发活动，而不得用于生产线、厂房等产业化能力建设。”
3、首次实施财政资助节点，力求保证支持项目的成功。
工作要求中新增探索财政资助节点改革措施，明确规定“针对企业牵头项目，先立项，项目前半段主要由承担单位自筹经费实施，专项经费资助10%;经中期评估确认，有继续开发意义的，后半段再主要由专项经费给予支持。”这点应该是重大仪器专项实施以来最大的变化，强调风险共担。
4、明确项目涵盖的内容，以及参与单位的职责。
工作要求中明确每个项目应包括“仪器开发(含软件开发)、应用开发和工程化开发等类型工作，同时，还应提出项目产业化策划方案”，并且要求“除仪器设备开发单位外，产业化单位、应用单位也应从项目设计开始，全程参与项目的组织和实施工作。”
5、新增4个项目组织部门(地区)，并首次出现试点地区。
工作要求中新增中国航天科技集团公司、中国航天科工集团公司、中国船舶重工集团公司以及中国航空工业集团公司4个组织部门，并明确天津、浙江、四川、贵州以及陕西为5个试点地区。
