内部空间分为试剂准备室、样本处理室和核酸检测室三个独立区间，符合加强型生物安全二级实验室的规范要求。配备的检测设备80%来自国内企业研发生产，其中一体化核酸自动检测仪由上海仁度生物科技有限公司研发，启用后能满足上海海关至少 200 人份/天的检测需求。
同时，攻关组还为实验室配备了中控指挥、试剂准备、移动采样等三辆移动车，可作为实验室的有效辅助，也可以单独使用，具备更灵活的应用可能。其中，试剂准备车能提供充足的检测试剂，满足社区、口岸等一线防疫阵地的应急检测要求；中控指挥车配制了可实时观察实验室各区间情况和各仪器参数的中控系统，如实验室内部或设备出现异常，可提示报警信息；移动采样车的样本采集能力最高可达 1000人份/天。
