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钟南山团队精准描绘德尔塔变异株完整传播链:10天传播4代

   日期:2021-09-17     来源:领蔚生物    浏览:793    
核心提示:广州荔湾区出现一例本土新冠肺炎确诊病例,此后感染人数迅速增长至上百人,牵动着全国人民的心弦。造成此次广州突发性疫情传播的
 广州荔湾区出现一例本土新冠肺炎确诊病例,此后感染人数迅速增长至上百人,牵动着全国人民的心弦。造成此次广州突发性疫情传播的是新冠病毒印度变异株——Delta变种,有着传播速度快、潜伏期短、病毒载量高三大特点。Delta变种(VOC,也称为谱系B·1·617·2),是SARS-CoV-2的一种新变种,于2020年10月首次被发现,正迅速成为全球的主要毒株。

近日,钟南山院士团队联合广州医科大学附属市八医院的一个研究团队,首次全面描述了DeltaVOC的传播链、病毒载量动力学和局部暴发的临床特征。

研究表明,与入住同一家医院的野生型队列相比,DeltaVOC感染有着更短的潜伏期和更高的病毒载量,而且会导致更严重的相关疾病。相关内容于9月12日发表在《EClinicalMedicine》上,题为“Transmission,viralkineticsandclinicalcharacteristicsoftheemergentSARS-CoV-2DeltaVOCinGuangzhou,China”。

该研究将2021年5月21日(官方确认首例病例)至6月18日(最后一例与首例病例相关)期间7例DeltaVOC感染的159例病例作为研究对象。由于当地政府组织的社区隔离和重复核酸实时聚合酶链反应(RT-PCR)检测的快速行动,DeltaVOC的传播仅限于几个社区。所有患者均为当地居民,流行病学证实仅与单一的DeltaVOC来源有关。

研究者收集了流行病学特征、病毒基因组序列、病毒载量动力学、临床特征和实验室检查结果。收集的流行病学数据包括直接接触确诊病例的接触史或确诊者居住过的地方,如餐厅、商场、便利店、学校等。潜伏期被定义为从接触到发病的天数,在能够提供与确诊或疑似病例密切接触的确切日期的患者中估计。实验室和放射学检查结果来自电子病历。收集入院时的实验室检查结果。胸部CT是放射学评估的主要来源,并在入院后三天内进行。

经过流行病学调查和系统发育树分析,研究者描述了DeltaVOC传播的整个链条。病毒传播途径主要是直接和间接的短距离接触,如就餐、家庭密切接触和社区联系。研究显示,通过用餐传播(30·8%)最频繁,其次是家庭接触(29·6%)和社区传播(18·2%)。

广州地区SARS-CoV-2DeltaVOC传播的流行病学传播网络

研究分析了159例DeltaVOC感染患者的临床特征。其中轻症占25.8%,中度占61.6%,严重占5.0%,危急占7.5%。在过去的14天内没有人在国外生活或旅行。33%的患者年龄在60岁或以上,60%为女性,30.8%至少有一种合并症。10例完成了全面接种。其中,30%为轻度病例,70%为中度病例。入院三天内最常见的症状是咳嗽(65%),其次是发烧(63%)和咳痰(53%)。腹泻(5%)和呕吐(4%)的胃肠道症状并不常见。

同时,研究者还收集了广州市第八人民医院收治的一组野生型SARS-CoV-2队列的病毒载量动力学和临床特征,以进行比较。野生型队列由2020年1月至2月(第一波大流行)期间具有完整病历的所有260例病例组成。

研究数据表明,首先,DeltaVOC的传播速度快。DeltaVOC在十天内完成了连续四代传输,平均每代传输为2.5天。在某些人中,从获得感染到进一步传播的持续时间仅为一天。其次,与野生型队列相比,DeltaVOC队列的潜伏期较短,这表明DeltaVOC的毒性更强。第三,来自不同流行病学世代的大多数病毒基因组几乎相同,只有不到三个突变。由于SARS-CoV-2病毒在体内不断快速变异,与第二代相比,第五代和第六代没有新的突变,这证实了病毒的快速复制和传播。

研究还发现,DeltaVOC具有较高的病毒载量。受体结合域中的几个关键突变极大地改变了刺突蛋白与ACE2受体的直接接触,并导致自然感染或疫苗接种引起的免疫保护受损。DeltaVOC组的Ct值比野生型组低约12以上,理论上比感染了DeltaVOC的患者体内的病毒多出1,000倍以上。同时,与野生型队列相比,DeltaVOC队列的病毒清除速度较慢。

感染SARS-CoV-2野生型或DeltaVOC的住院COVID-19患者的最高病毒载量

此外,研究者在DeltaVOC队列中发现了更大比例的<18岁感染病例。在亚组分析中,DeltaVOC队列中的所有危重病例都是年龄>60岁的老年人,而野生型队列中的这一比例为69%。这一差异表明老年患者更容易感染DeltaVOC。老年人对DeltaVOC的易感性与免疫衰老有关。与野生型队列中的患者相比,DeltaVOC队列中60岁以上的患者恶化为危重疾病的风险增加。

Cox回归分析显示病毒谱系与疾病进展有关。研究发现感染DeltaVOC谱系的患者在恶化为危重疾病方面的风险高于野生型队列。DeltaVOC感染表明可能出现更严重的临床状态和更差的结果。

总之,与SARS-CoV-2野生型谱系相比,DeltaVOC具有更高的传染性、病毒载量和更高的疾病进展风险。这些数据为了解DeltaVOC的特征提供了见解,有助于对抗这种迅速蔓延的全球大流行。包括快速追踪、隔离、限制社会环境和全市核酸筛查在内的强化防控措施对于遏制突发高传染性变异的爆发具有重要意义。

 
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