《办法》明确，内蒙古实验室是原始创新策源地、科技体制机制改革“试验田”，面向国家重大战略需求和内蒙古重点产业发展，聚焦战略前沿技术、关键核心技术、颠覆性技术研究与转化应用，坚持党的全面领导，落实“四个面向”，打造使命清晰、机制创新、成效显著、人才集聚的领军创新力量。
在布局与建设上，实行“自上而下”与“自下而上”相结合，坚持“自治区主导、盟市主建，成熟一个、建设一个，优胜劣汰、有序进出”，按新型研发机构实体化运行。重点围绕现代能源、国家战略资源、生态环保、现代农牧业等领域布局，坚持“少而精、重能力”。实验室分筹建期2年、建设期5年、运行期3年一周期分段管理，筹建评估通过后报内蒙古自治区人民政府批复进入建设期，建设验收通过后进入运行期。
《办法》为内蒙古实验室设立明确准入门槛，科研用房面积不少于3万平方米、仪器设备原值不少于1亿元；拥有战略科学家领衔的创新团队，建设期人员不少于200人，固定人员、本土人才、高学历人才均设明确比例要求；盟市筹建期开办费不少于2亿元、建设期不少于3亿元，在用地、人才、成果转化等方面给予全方位保障。
在运行机制上，内蒙古实验室为独立法人新型研发机构，实行理事会决策、学术委员会指导、实验室主任负责的治理模式。主任由本领域高层次专家担任、全职在岗，首席科学家自主组建团队、自主支配经费；建立开放、流动、竞争、协同的用人机制，支持青年人才挑大梁，配套科研助理岗位。同时强化成果转化、知识产权、科研诚信、安全保密等管理，赋予科研人员职务科技成果所有权或长期使用权，健全收益分配激励。
在保障与评估方面，《办法》建立内蒙古自治区、盟市两级财政稳定支持+社会多元化投入机制，建设期给予稳定资金支持，运行期按绩效“一事一议”支持。实行分段评估、动态管理：筹建期满评估、建设期中期与期满评估、运行期3年一评，结果分优秀、良好、基本合格、不合格，实行分档支持、有进有出，不合格的直接报内蒙古自治区人民政府撤销，基本合格的限期整改，整改不到位按程序予以撤销。
