管理体制问题。目前，省级以下建立了市—县—镇—村四级环保管理体制，镇环保办、环保助理和村环保监督员承担着农村地区的环境保护工作职能。市、县环保局改革有效防止了市、县的地方保护主义，同时，镇村的管理体制也要配套改革，避免出现“按下葫芦浮起瓢”，镇村地方保护主义又抬头的现象。
沟通协作问题。由于农村环保工作涉及面广，化肥、农药、秸秆、畜禽废弃物等面源污染治理要与农业部门协调，农村生活污水、生活垃圾收运、河道氮磷拦截等环境综合整治要与农办、水利、住建、城管等部门协调。然而实际中其他部门的积极性和主动性还有待提高。环保垂管以后，“兄弟”变成了“表亲”，要建立更加有效的协作机制。
管办分离问题。现在，环保部门既承担监管污染防治成效的责任，又承担组织实施污染防治的任务，既是“裁判员”，又是“运动员”。垂直管理的方向就是要实施管办分离，监管责任划归条线，污染防治划归属地。而属地的农业、农村污染防治任务将由谁组织、由谁实施，也值得研究。
为促进农村环境根本改善，笔者对环保管理体制改革提出以下建议：
一是加强镇村环保队伍建设。镇村是四级环保管理体系的重要环节，建议参照建设、税务等条线在乡镇设立建管所、税务所的做法，把镇村的环保办、环保助理、环保监督员独立出来，设立乡镇环保所，对于重点乡镇还可以直接设立环保分局。环保所作为县环保分局的下设机构，直接对县环保分局负责，确保环保条线上通下达。
二是组建属地环境治理机构。建议在党委序列设立生态文明建设委员会，由负责农村工作的专职党委副书记挂帅，统一负责属地的生态文明建设工作，制定并组织实施属地的农业、农村污染防治、总量减排等相关规划、方案、措施。参照纪委、监察局的工作体系，理顺生态文明委和环保局的关系。
